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電子入札コアシステムVer.3では、課題であった開札に要する処理速度の向上を目指し、プログラムの改善に努め、その結果Ver.2までは13分前後であった開札処理時間を約7分まで短縮することができました。さらに、速度向上を目的とし、改善案に基づく対応を行った電子入札コアシステムVer.3.1を平成15年10月31日にリリースいたしました。 １．通信セキュリティ機能のオプション化 閉域ネットワーク（ＬＧＷＡＮなど）を利用する場合の通信セキュリティレベルの見直しを行い、発注者クライアントでの乱数値に対する署名付与処理を行わないなどの設定をオプション化しました。
2．クライアント署名検証機能のオプション化 署名付き文書を表示する際に署名検証の処理（改ざんのチェックと証明書の検証）を自動で行っていましたが、証明書の検証時に各認証局と通信をする必要があるため、環境によっては多くの通信時間を必要としていました。これを解消するため、自動で行っていた署名検証の処理を改ざんのチェックのみとし、文書表示後に任意で署名検証（証明書の検証を含む）を行うなどの設定をオプション化しました。
3．落札決定通知書への立会人署名のオプション化 落札決定通知書をはじめとする入札結果に関わる通知書（「落札決定通知書」、「決定通知書」、「保留通知書」、「取止め通知書」）には執行担当の署名とともに立会担当の署名付与を必須としていましたが、立会担当の署名を印鑑による捺印等による運用も考慮し、署名付与を任意にするなどの設定をオプション化しました。
4．入札以降通知書署名付与方法の変更 入札以降に必ず対象業者へ向けて一括発行する通知書（入札締切通知書、見積締切通知書、日時変更通知書）では、通知書の内容は同一で、宛先情報のみ異なるため、業者数分の署名付与が必要でした。この場合に限り、通知書の内容に対して署名を付与し、その後、宛先情報を追加することで発注者クライアントでの署名付与処理時間を短縮しました。
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